（一）保函有从属性保函和独立性保函之分，备用信用证无此区分
保函作为人的担保的一种，它与它所凭以开立的基础合同之间的关系是从属性亦或是独立的关系呢？据此，保函在性质上有从属性保函和独立性保函之分。传统的保函是从属性的，保函是基础合同的一个附属性契约，其法律效力随基础合同的存在、变化、灭失、担保人的责任是属于第二性的付款责任，只有当保函的申请人违约，并且不承担违约责任时，保证人才承担违约责任时，保证人才承担保函项下的赔偿责任。而申请人是否违约，是要根据基础合同的规定以及实际履行情况来作出判断的，但这种判断显然不是件简单的事，经常要经过仲裁或诉讼才能解决其中的是非曲直。所以当从属性保函项下发生索赔时，担保人要根据基础合同的条款以及实际履行情况来确定是否予以支付。各国国内交易使用的保函基本上是从属性质的保函。
独立性保函则不同，它虽是依据基础合同开立，但一经开立，便具有独立的效力，是自足文件，担保人对受举益人的索赔要求是否支付，只依据保函本身的条款。
独立性保函一般都要明确担保人的责任是不可撤销的、无条件的和见索即付的。保函一经开出，未经受益人同意，不能修改或解除其所承担的保函项下的义务；保函项下的赔付只取决于保函本身，而不取决于保函以外的交易事项，银行收到受益人的索赔要求后应立即予以赔付规定的金额。见索即付保函就是独立性保函的典型代表。
独立性保函是二战后为适应当代国际贸易发展的需要，由银行和商业实践的发展而逐步确立起来的，并成为国际担保的主流和趋势，原因主要在于：，从属性保函的发生索赔时，担保银行须调查基础合同履行的真实情况，这是其人员和专业技术能力所不能及的，且会因此被卷入到合同纠纷甚至诉讼中。银行为自身利益考虑，绝不愿意卷入到复杂的合同纠纷中，使银行的利益和信誉受到损坏，而趋向于使用独立性保函。而且银行在处理保函业务时，正越来越多地引进信用证业务的处理原则，甚至有的将保函称为担保信用证。第二，独立性保函可使受益人的权益更有保障和更易于实现，可以避免保函申请人提出各种原因如不可抗力、合同履行不可能等等来对抗其索赔的请求，避免对违约人起诉所花费大量的金钱、精力及诉讼旷日持久等缺陷，可确保其权益不至因合同纠纷而受到损害。
备用信用证作为信用证的一种形式，并无从属性与独立性之分，它具有信用证的“独立性、自足性、纯粹单据交易”的特点，受益人在该信用证为准，开证行只根据信用证条款与条件来决定是否偿付，而与基础合约并无关。
（二）保函和备用信用证适用的法律规范和国际惯例不同。
由于各国对保函的法律规范各不相同的，到目前为止，尚未有一个可为各国银行界和贸易界广泛认可的保函国际惯例。独立性保函虽然在国际经贸实践中有广泛的应用，但大多数国家对其性质在法律上并未有明确规定，这在一定程度上阻碍了保函的发展。
1、将全额保证金存到开户银行冻结，开立保函，支付给银行的手续费，一般仅需几百元，毕竟为银行带来了存款业绩，当然了，各个银行的办理程序，复杂程度、服务态度、价格有所差别。
2、指通过专业的工程担保公司去办理银行的保函，往往不需要保证金，需要支付给担保公司的服务费用。
费率：目前担保市场上价格相对透明，费率一般为担保金额的1%-3%，具体视情况而定。
开保函要多少费用
银行保函手续费不是统一的，对于不同的银行，不同的保函形式保函的收费是不同的。
银行保函，又称保证书，是指银行、保险公司、担保公司或担保人应申请人的请求，向受益人开立的一种书面信用担保凭证，保证在申请人未能按双方协议履行其责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定时限范围内的某种支付或经济赔偿责任。现阶段常用的银行保函为：投标保函、履约保函、支付保函、预付款保函。
银行履约保函费用，对于不同的银行，不同的保函形式保函的收费是不同的。比如工商银行开具非融资类人民币保函应根据保函风险度按季收取保函金额0.5%-3%的手续费。
履约保函费用怎么算
履约保函费用并不统一。保函费率已开具保函金额为基数收取，其中投标保函单笔收费1000元。银行履约、预付款、质量保修保函等单笔收费为15000元人民币。基数的话一般是担保金额的2-3%，具体要看企业资质，项目情况。
履约保函如何兑付
履约保函的兑付方式：只要出现保函中规定的任何一项索偿条件，银行就会执行赔付。简单说履约保函就是委托银行出具的保证某项《合约》顺利执行的书面保证函。到期后保函就会失效。
履约保函的作用
履约保函的作用：保证申请人去履行某种合约义务，一旦出现相反情况时，负责对受益人做出赔偿；或在保证受益人在其履行了合约义务后将肯定能得到其所应得的合同价款的权力。履约保函是指应劳务方和承包方（申请人）的请求，银行金融机构向工程的业主方（受益人）做出的一种履约保证承诺。
履约保函如何办理
履约保函的办理方式：1、向银行申请开立保函并提供有关资料；2、银行进行调查、审查；3、签订协议，落实保证金或反担保；4、开立履约保函。
预付款保函和履约保函的区别？
二者区别如下：
1.概念不同。预付款保函在贸易合同中还可以称为定金保函，是承包人要求银行向业主（发包人）
出具的保证业主所支付的工程预付款用于实施项目的一种信用函件。履约保函是应劳务方和承包方（申请人）的请求，银行金融机构向工程的业主方（受益人）做出的一种履约保证承诺。
2.适用范围不同。预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。履约保函适用范围非常广泛，可用于任何项目中对当事人履行合同义务提供担保的情况，常见用于工程承包、物资采购等项目。
办理履约保函有两种方式：
1、通过银行直接办理，此时需要存入全额保证金，另付银行费用。
①申请履约保函：申请人向银行提交申请，并提供所需的资料和文件。
②调查和审查：银行会对申请人进行调查和审查，包括审核申请人的信用状况、财务状况以及履约能力。
③签订协议缴纳保证金：在履约保函办理过程中，申请人和银行会签订一份协议，明确双方权利和义务。通常要求申请人提供一定比例的履约保证金或者反担保，作为保函的信用支持。
④开立履约保函：经过审核和协议签订后，银行会开立履约保函。履约保函是银行向收益人(通常为业主或买方)发出的承诺，保证在申请人不履行合同义务时承担责任并给与赔偿。
2、通过担保公司办理，担保公司为客户向银行提供反担保，银行即可不收(或者部分收取)客户保证金办理保函，客户另付担保公司费用。
银行在收取保证金时，会考虑项目是建筑安装服务类，有对应的建设局颁发的一级及以上资质作为支撑，可以申请免保证金。
项目为市政工程，有与项目对应的建设局颁发二级以上资质作为支撑，可以申请免保证金。
资质为3级或无资质，一般不能免保证金，只能部分免除。
项目是采购供货类，一般是没有对应的资质的，所以不能免保证金。
项目和公司条件虽然没有达到银行的免保要求，但是保函的有效期短，或者项目风险可控，可以申请免除保证金的。